Como el último de los grandes trasplantes desarrollado a nivel nacional y también internacional, los primeros intentos por realizar este procedimiento surgen en la década de los 60. En concreto en 1964, en Boston, donde dos niños reciben parte del intestino de sus madres desafortunadamente sin éxito.
A pesar de los esfuerzos posteriores, con muy escasos resultados, y la introducción de la ciclosporina (un fármaco inmunosupresor que había mejorado mucho la efectividad de otros trasplantes), habría que esperar a la década de los 90, con la introducción de inmunosupresores más modernos y mejoras en la nutrición parenteral, para hablar de éxito en este tipo de trasplante. Consiguiéndolo el doctor Enrico Benedetti en Illinois, en 1998.
En España, habría que esperar otro año, hasta 1999, para conseguir el mismo resultado. Actualmente en España se realiazan de unas 8 a 10 intervenciones al año entre niños y adultos, tanto aislados o en combinación con el hígado u otros órganos.
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